Review sul virus SARS CoV 2 e sulla COVID-19

Articolo disponibile anche su ZeroNet!

Sui mass media e su internet oggigiorno si sentono diverse opinioni sui vari aspetti tecnici e medici di questo nuovo virus e di questa nuova patologia, opinioni che ovviamente cambiano nel tempo via via che vengono fatte nuove scoperte ma che, purtroppo, in molti casi sono anche spesso “di parte”, cioè volte ad influenzare scelte per ragioni politiche e non scientifiche (ricordate per esempio all’inizio quando la malattia stessa all’inizio fu banalizzata? Anche da virologi esperti…)

Come medico quasi tutti i giorni vengo contattato o sentito per avere un parere sulle questioni più disparate, ma mi sono reso conto che le informazioni diffuse anche dai media “ufficiali” per noi specialisti sono spesso contraddittorie (se non palesemente false dal punto di vista scientifico…ricordate le raccomandazioni sulle mascherine da usare fornite ad inizio epidemia? Quanti medici si sono ammalati per aver indossato una chirurgica al posto di un filtrante davanti ad un paziente infetto come suggerivano alcuni “esperti”?)

Per noi medici dare un consiglio sbagliato ad un paziente o dare opinioni infondate spesso si traduce, quando i fatti veri vengono a galla, in una perdita di fiducia davanti ai nostri assistiti! Ho deciso quindi di andare a revisionare una buona collezione di articoli scientifici a riguardo (ne ho circa un centinaio sulla mia scrivania ora) per vedere cosa si sa al momento sull’argomento. Nei prossimi paragrafi farò un riassunto di tutto quello che ho trovato e, in fondo al testo, metterò le mie opinioni personali che mi sono fatto alla luce di queste letture, cercando di tenerle ben distinte dai fatti descritti in letteratura.

Sull’argomento escono nuovi articoli scientifici praticamente ogni giorno ed io stesso non sono ne un virologo e ne biologo esperto in queste cose (tuttavia alcune basi teoriche sulle cose trattate le ho dal corso di laurea); di conseguenza le cose qui illustrate potrebbero non essere aggiornate o perfettamente attendibili, vi invito quindi se leggete questo testo a dirmi anche la vostra! 🙂

Inizierò occupandomi della biologia del virus SARS CoV 2, descrivendone la struttura del genoma ed i suoi prodotti (proteine strutturali ed accessorie), quindi descriverò il virus come zoonosi (possibilità di cross-infezione animale-uomo e fra animali) per poi concludere in bellezza con gli argomenti “resistenza ai vaccini” (e loro efficacia contro le varianti) ed “origine del virus”.

Biologia del virus SARS CoV 2

Genoma:

Il virus SARS CoV 2 è un coronavirus appartenente alla famiglia Betacoronavirus (la stessa del virus SARS del 2001 e del MERS-CoV, con cui condivide buona parte della sequenza). Come tutti questi virus è costituito da un singolo filamento di RNA carico positivamente e da alcune proteine strutturali: Nucleocapside (N), Envelope (E), Membrana (M) e Spike (S); quest’ultima proteina è responsabile dell’adesione alle cellule dell’ospite tramite il recettore ACE 2 ed è il bersaglio di tutti i vaccini esistenti, che ne inducono la produzione tramite trasfezione di un mRNA specifico nelle cellule dell’ospite mediante vescicole lipidiche (Pfizer e Moderna) o un altro virus (AstraZeneca, J&J, Sputnik) oppure tramite un virus SARS-CoV 2 vivo attenuato (quest’ultimo tipo di vaccini sviluppato dai cinesi sembrerebbe meno efficace e non è disponibile in Italia)

Il genoma virale se copiato integralmente dalla cellula ospite può essere incorporato in nuovi virioni, tuttavia più spesso solo porzioni del genoma sono trascritte in filamenti di RNA antisenso che sono poi convertiti nelle singole proteine virali (strutturali e non) e forse anche in RNA regolatori. Questa trascrizione parziale include sempre gli estremi 5′ e 3′ dell’RNA completo, ma in mezzo incorpora solo l’RNA codificante per il trascritto di interesse, a partire da una sequenza ORF (Open Reading Frame) fino ad un segnale di STOP.

Il genoma del virus SARS-CoV 2 contiene almeno 10 ORF distinte, come evidente nella figura sotto. Qui in seguito ogni ORF sarà trattata separatamente. In letteratura sono descritte tramite metodi bioinformatici numerose ORF “alternative” e ORF che codificano RNA regolatori, che non saranno trattate in questo testo.

Genoma del virus SARS-CoV2 e suoi prodotti, tratto da qui

ORF 1:

La prima sequenza ORF costituisce la gran parte del genoma virale e codifica per 2 polipeptidi che vengono in seguito spezzettati da proteasi presenti all’interno della stessa ORF in 16 proteine più piccole chiamate NSP numerate ognuna da un numero da 1 a 16. Ognuno di questi peptidi ha caratteristiche e compiti unici e molti sono indispensabili alla replicazione virale. Questa ORF, oltre a contenere le auto-proteasi già descritte, contiene anche la RNA polimerasi RNA dipendente responsabile della copia e della trascrizione del genoma virale, oltre a numerose proteina regolatrici (Raj et al. 11-12-2020).

Sebbene sia una delle proteine più grandi e più complesse di tutto il genoma è anche una delle meno studiate.

Elenco NSP:

NSP1: inibisce il sistema immunitario dell’ospite e blocca l’apoptosi nelle fasi iniziali dell’infezione per promuovere la replicazione virale

NSP2: blocca la trasmissione dei segnali dentro la cellula infettata

NSP3: facilita la traduzione dell’RNA virale e blocca quella degli mRNA nativi della cellula infettata

NSP4: E’ essenziale per la replicazione virale, facilita l’assemblagio dei virioni

NSP5: autoproteasi

NSP6: genera fagolisosomi del reticolo endoplasmatico

NSP7: RNA polimerasi virale non dipendente da primer

NSP8: primasi

NSP9: coinvolta nella replicazione dell’RNA virale, interagisce con NSP8

NSP10: cofattore di NSP 16 e 14

NSP 11: essenziale per la replicazione virale

NSP12: RNA polimerasi, duplica il genoma virale

NSP13: RNA elicasi ed RNAsi

NSP14:metiltransferasi ed esoribonucleasi

NSP15: uridinasi ed esoribonucleasi

NSP16: 2-o-metiltransferasi, essenziale per il capping degli mRNA virali

ORF2 o S:

ORF 2 codifica per la proteina spike, che è composta da 2 subunità, ognuna codificata da una metà di questo gene. La prima interagisce con il recettore ACE2, l’altra provoca la fusione della membrana virale con quella cellulare.

ORF3:

ORF3 codifica per 2 proteine molto simili (a e b) che funzionano come canali ionici. Agiscono nell’assemblamento dei virioni, come antiapoptotico e bloccano il sistema immunitario dell’ospite. E’ un gene omologo alle ORF5 ed M di altri coronavirus, che probabilmente hanno un antenato comune. Alcuni sostengono che non tutte le proteine di ORF3 siano espresse dal virus SARS-CoV 2 (Tan et al. 11-11-2020).

ORF4 o E

Costituisce la parete esterna delle particelle virali.

ORF5 o M:

Costituisce la matrice interna delle particelle virali

ORF6:

ORF6 codifica per un potente immunosoppressore che agisce bloccando l’ingresso del complesso JAK-STAT nel nucleo cellulare, ove dovrebbe indurre la trascrizione di geni dipendenti da citochine antivirali come gli interferoni; così facendo il virus devia la risposta infiammatoria verso altri antigeni self e scatena la tempesta citochinica tipica della malattia (Miorin et al. 10-11-2020). Lo stesso gene blocca anche la trascrizione degli mRNA nucleari impedendone l’uscita dal nucleo cellulare e favorendo quindi la trascrizione e traduzione dei trascritti virali (Addetia et al. 3-2021, Kato et al. 13-12-2020). Sono state tentate delle terapie per bloccare l’azione di ORF6, ma non hanno avuto successo sull’uomo (Zhu et al. 2021).

ORF 7:

Codifica per una o più proteine molto simili ad ORF8 e verosimilmente nè condivide un antenato comune (Neches et al. 2-2021). Sembra abbia funzione immunosoppressiva. In alcuni casi questo gene presenta delezioni anche estese, forse correlate con una maggiore trasmissibilità dell’infezione (Panzera et al. 8.12-2020).

ORF8:

E’ la proteina accessoria del virus SARS-Cov 2 più studiata. Il gene ORF8 è presente solo nei coronavirus SARS-CoV e MERS-CoV oltre che nel virus SARS-CoV 2, quindi è il più probabile candidato nel dare maggiore virulenza a queste specie virali. Mentre gli altri geni virali sono correlati filogenicamente con un coronavirus del pipistrello, questo gene del virus SARS-Cov 2 sembra essere correlato con un coronavirus del pangolino. Questa proteina agisce come immunosoppressore e blocca inoltre l’azione dei geni MHC, oltre ad essere anche secreta fuori dalla cellula. (Hassan et al. 2021). Oltre a ciò questa proteina sembra mutare piuttosto rapidamente (Flower et al. 2020), mutazioni differenti di questo gene sono state registrate durante i primi mesi della pandemia (probabilmente per garantire una maggiore adattabilità del virus, Alkhansa et al. 2021) e differenti mutazioni caratterizzano anche diverse varianti note per la loro maggiore aggressività (Hussain et al. 2021, nella variante B1.1.7 la proteina diventa un dimero per la comparsa al centro del trascritto di un codone di stop)

ORF 9 ed N

Questa ORF codifica per la proteina del nucleocapside (N) e probabilmente anche per altre proteine regolatrici. La proteina N interagisce con L’RNA virale influenzandone l’espressione genica ed inoltre aumenta l’infettività del virus (Mishra et al. 4-2021). Le proteine regolatrici codificate da questa ORF probabilmente agiscono a livello mitocondriale come immunosoppressori: ORF9b agisce inibendo il signalosoma MAVs (Michel et al. 2020).

ORF10

Questa proteina sembra derivare anch’essa dal coronavirus del pangolino, ma non ha omologhi noti in natura (è specifica del virus SARS CoV 2), tanto che alcuni mettano anche in dubbio che questa ORF sia tradotta, anche perchè spesso è deleta (Pancer et al. 2020). Tale ORF tuttavia sembra mutare (Hassan et al. 9-6-2020) e per questo potrebbe essere implicata nell’adattamento del virus all’ospite (in molti articoli qui citati sono descritte mutazioni che rendono il virus meno patogeno e che sono quindi implicate in una maggiore infettività degli asintomatici, mentre la piena funzionalità dei geni immunosoppressori è correlata con le forme più severe di malattia). Questa ORF sembra contenere al suo interno 11 epitopi specifici per i linfociti T citotossici, che potrebbero essere impiegati dal virus per deviare la risposta immunitaria dell’ospite (Hassan et al. 16-4-2021)

COVID-19 come zoonosi

La struttura del genoma virale descritta nei paragrafi precedenti è correlata filogenicamente con altri coronavirus che infettano sia il pipistrello sia il pangolino; è probabile che un evento di ricombinazione fra questi 2 virus animali ha portato poi alla nascita del coronavirus SARS-CoV 2 che è in grado di infettare l’uomo (Makarenkov et al. 2021); non stupisce quindi che il SARS CoV 2 sia in grado di infettare anche altri animali che esprimano il recettore ACE2 a livello delle vie aeree. In particolare in letteratura è descritto un ceppo virale che dall’uomo e passato al visone ed è ritornato all’uomo con delle mutazione aggiuntive in Danimarca (la cosa è stata descritta anche dai mass media ed ha portato all’eradicazione dei visoni in Danimarca per debellare questa variante). Al momento il visone è l’unico animale in grado di ritrasmettere con certezza il virus all’uomo, tuttavia sono descritti casi in cui gli umani hanno contagiato gatti, cani e altri animali da allevamento e degli zoo senza che l’infezione possa con certezza tornare all’uomo (maggiori sospetti si hanno con i felini, in particolare i gatti) Gli autori dello studio si dicono anche preoccupati del contenimento dell’infezione fra gli animali selvatici, in particolari fra i visoni selvatici che possono interagire con quelli allevati fuggiti, costituendo un reservoir per il virus e dandogli maggiori opportunità di mutazione. Sharun et al. 19-4-2021. Sono stati anche descritti casi di trasmissione fra leone e leone dati dalla variante indiana in uno zoo in india (in tali casi il virus nei leoni il virus sembra anche presentare mutazioni della proteina spike. Mishra et al 2-6-2021).

Mutazioni del virus SARS CoV 2

Le principali varianti di interesse del virus (inglese, sudafricana, sudamericana ed indiana) sono definite da mutazioni della proteina spike che garantiscono al patogeno maggiore infettività e resistenza ai vaccini, tuttavia anche le restanti porzioni del genoma subiscono mutazioni e delezioni, tanto se non più spesso della proteina spike. In particolare sono state descritte mutazioni a carico di ORF8, ORF7, (vedi articoli citati in precedenza), ORF6 (Quéromès et al. 15-9-2021), ORF 1 e ORF 3 (Velazquez-Salinas et al. 10-2020). Le stesse varianti sono inoltre caratterizzate anche da differenti mutazioni a carico della proteina spike, che ne definiscono numerose sottovarianti. Esistono diversi sottotipi di variante indiana in diverse regioni del paese (Yadav et al. 2021) e all’interno della stessa regione (Nilgiriwala et al. 15-4-2021) e tali sottovarianti presentano numerose mutazioni a carico delle proteine regolatrici (Biswas et al. 3-2021). Oltre a questo la variante indiana è associata a una forma di rinosinusite micotica invasiva chiamata mucormicosi che richiede terapie antifungigne pesanti e chirurgiche per guarire (asportazione dei tessuti infetti, anche a volte i bulbi oculari). Tale patologia di norma colpisce i pazienti immunodepressi, diabetici ed in terapia cortisonica (il cortisone utilizzato nelle trattamento delle forme severe di COVID-19. Ismaiel et al. 14-5-2021, Sen et al. 2-2021) . Alcuni autori sostengono apertamente che il virus usa le mutazioni per adattarsi all’ospite e resistere ai trattamenti terapeutici (Patro et al. 30-5-2021).

Resistenza ai vaccini

Numerosi studi sono stati fatti per correlare le varianti del virus con la possibile resistenza ai vaccini. Al momento, come più volte detto anche dai mass media, sembrerebbe che due dosi di vaccino proteggano adeguatamente da tutte le varianti, tuttavia l’efficacia degli anticorpi tende a calare anche di parecchio con le nuove varianti (Chen et al. 5-5-2021), in particolare quella indiana che sembra resistere ad una sola dose di vaccino, come dimostrato dal picco epidemico in corso in molti paesi (Callaway 22-6-2021, Mlcochova et al. 28-6-2021, Sheikh et al. 26-6-2021). Pubblicazioni a riguardo sono presenti per il vaccino Pfizer (Lustig et al. 1-6-2021) e quello AstraZeneca (Bauer et al. 2021), inoltre il trial di approvazione del vaccino a mRNA CureVac è recentemente fallito, secondo gli autori anche a causa della comparsa delle varianti (Dolgin 18-6-2021)

“Origine del virus”

Dalla letteratura già citata si può dedurre che il coronavirus SARS CoV 2 sia nato probabilmente da un evento di ricombinazione (mescolamento) fra il genoma di un coronavirus di un pipistrello con uno del pangolino. In natura tali eventi non sono poi così rari, quindi per il principio del Rasoio di Occam (l’ipotesi più semplice tendenzialmente è quella corretta) e secondo quanto detto dalla commissione apposita dell’OMS, l’origine naturale della malattia è l’ipotesi più attendibile; tuttavia non mancano ipotesi “alternative” ed uno degli scienziati che hanno sostenuto l’ipotesi che il virus sia nato nel laboratorio di Wuhan (che faceva anche ricerche sul coronavirus dei pipistrelli) ha pubblicato recentemente un articolo (Bloom 18-6-2021) in cui sostiene di aver recuperato delle sequenze cancellate da un archivio pubblico rilasciate da ricercatori cinesi all ‘inizio dellì’epidemia a Wuhan (Wang et al. 2020). Dall’analisi filogenetica di queste sequenze incomplete Bloom sostiene che l’ipotesi che il virus sia originato dal mercato del pesce di Wuhan è assolutamente inattendibile in quanto il virus trovato nel mercato sembra molto più mutato ed “anziano” delle sequenze da lui rinvenute, che quindi erano diffuse a Wuhan già da molto più tempo; sostenendo neanche troppo velatamente che tali sequenze siano state cancellate di proposito dagli scienziati cinesi e senza neanche un valido motivo scientifico (l’articolo che ne parla è ancora disponibile online invariato nei contenuti). La Cina inoltre anche in occasione della SARS nel 2001 aveva nascosto molte informazioni ed è notoriamente inaffidabile oltre che uno stato dittatoriale. Questi dati, secondo l’autore, se non sostengono l’ipotesi di un “virus uscito da un laboratorio” quantomeno dovrebbero invogliare gli enti scientifici a maggiore trasparenza (i ricercatori hanno fatto cancellare le sequenze dall’archivio pubblico con sede in USA adducendo di volerle caricarle in un secondo archivio, cosa che peraltro non è stata fatta). Inoltre all’inizio del 2020 il Partito Comunista Cinese ha iniziato un maggiore controllo sulle pubblicazioni relative alla COVID-19, proprio nei mesi in cui le sequenze in oggetto sembrerebbero essere state rimosse dall’archivio pubblico. C’è da dire che gli archivi pubblici hanno ritirato nel tempo dalla disponibilità pubblica su richiesta degli autori numerose altre raccolte di sequenze, anche di ricercatori americani.

Opinioni personali:

Come già detto in precedenza a fine relazione ora tratterò le domande più comuni a riguardo della COVID-19 alla luce delle informazioni che ho raccolto, dalla letteratura e delle mie personali conoscenze ed opinioni. Fatemi sapere la vostra a riguardo nei commenti.

1)I vaccini sono efficaci contro le varianti del virus?

R: Al momento due dosi di vaccino sembrerebbero garantire una buona immunizzazione, tuttavia dalla letteratura emerge anche una tendenza del virus ad adattarsi agli ospiti ed alle terapie che cambiano (sappiamo inoltre pochissimo e stiamo analizzando poco il funzionamento delle proteine accessorie ad azione immunosoppressiva; a mio parere non è da escludere che la differente virulenza delle varianti, la diversa resistenza ai vaccini ed i casi di mucor da variante delta siano correlabili anche a mutazioni di queste proteine). Differenti mutazioni vengono scoperte ogni giorno e numerose varianti sembrano mostrare un’ incrementata resistenza. Secondo me nessuno ha la sfera di cristallo per predire come in futuro evolverà questo nuovo patogeno, ma non si può escludere che siano necessari dei richiami per garantire immunità contro le varianti che già sono presenti e che potrebbero ulteriormente evolversi per diventare resistenti anche a due dosi di vaccino (il vaccino AstraZeneca è nato monodose…). Per tale ragione starei attento a dare troppa sicurezza a riguardo al pubblico, il rischio infatti è quello di far perdere poi fiducia nei vaccini se le cose andassero male. Al momento i vaccini proteggono bene, quindi è giusto proseguire speditamente la campagna vaccinale ed anche imporre obblighi per categorie a rischio come operatori sanitari ed insegnanti che sono veicolo di infezione importante se si infettano. La priorità deve essere al momento l’immunizzazione più rapida possibile di tutta la popolazione mondiale e anche la sorveglianza attenta di possibili reservoir animali! (l’infettività negli animali sembra variare con le varianti del virus, inoltre il passagio animale-uomo può portare ad altri pericolosi eventi di ricombinazione). Alcuni animali come i felini possono poi diventare veicolo importante di infezione se il virus imparasse a sfruttarli per trasmettere l’infezione all’uomo (in particolar modo i gatti sono incontrollabili da questo punto di vista e rischierebbero l’abbandono per paura da parte dei padroni) E’ quindi necessario vaccinare rapidamente anche la fauna domestica e selvatica, cosa che non si sta facendo! Per far questo la pur enorme macchina industriale messa in moto dalle case farmaceutiche produttrici di vaccini è assolutamente insufficiente (l’italia soministra attualmente 500.000 dosi al giorno, per immunizzare tutti con 2 dosi servirebbero con questo ritmo 160 giorni, in realtà meno se si escludono i già vaccinati! Il tempo a nostra disposizione per contrastare la variante delta purtroppo è molto meno!) e dovrebbe essere rinforzata con una cessione dei brevetti o perlomeno una più flessibile gestione dele licenze! (maggiore delega ad aziende terze). Questo fra l’altro creerebbe anche preziosi posti di lavoro!

2) Quanto durerà ancora tutto questo?

R: Purtroppo credo ancora a lungo, anche perchè altri germi pandemici sono in circolazione fra noi anche da millenni (HIV, influenza H1N1, morbillo, TBC, ecc…) e non credo che il SARS CoV 2 sarà diverso (Il SARS CoV 1 e’ stato fermato grazie alla sua elevata letalità che lo rendeva facile da individuare). Credo fermamente che questa sia una guerra! In guerra tutta la macchina industriale di un paese viene convertita agli interessi bellici…e qui credo che tutti dobbiamo fare un enorme sforzo analogo deviando risorse dai settori inutilizzati o sottoutilizzati (es. turismo, intrattenimento collettivo e tessile) al’industria farmaceutica, di produzione di DPI, all’informatica (servizi a distanza per scuola e lavoro) ed alla garanzia dei servizi di base (sanità, scuola, ricerca scientifica sul COVID e non, formazione dei lavoratori nei settori di interesse per l’emergenza, sicurezza, produzione di cibo e beni di prima necessità che NON vanno delegati troppo ad industrie estere!). BIsogna finirla di dare sussidi a pioggia e bisogna iniziare a cambiare TUTTI il nostro modo di lavorare! Se non inizieremo SUBITO a fare questo a brevissimo assisteremo ad una terribile macelleria sociale!

3) Il SARS CoV 2 è nato in un laboratorio?

R: Questo è uno dei virus più complessi in grado di infettare l’uomo (è uno dei genomi più grandi) ed ha un complesso meccanismo d’azione, quindi nessuno può averlo creato da zero! Al netto del Rasoio di Occam (l’ipotesi più semplice è tendenzialmente quella vera, quindi “l’origine naturale” è l’ipotesi vera dato che i virus notoriamente ricombinano anche da soli) l’ipotesi del “complotto” un po’ più attendibile potrebbe essere una ricombinazione fra virus animali indotta artificialmente. La domanda è: “A che scopo?” Perchè la Cina o qualunque altro stato dovrebbe creare un virus come questo e perlopiù rilasciarlo nel suo territorio? (anche rilasciandolo in territorio “nemico” un virus del genere di sicuro ti colpirebbe comunque!) L’unica motivazione possibile è indurre una catastrofe sociale come quella che stiamo vedendo (Il SARS CoV 2 è un virus meno letale dei suoi predecessori… da molti asintomatici quindi è perfetto per essere allo stesso tempo “banalizzato” e al contempo distruggere le vite ed il tessuto sociale di un paese colpito, specie i paesi capitalisti che sono abitati da persone ultracompetitive e tendenzialmente egoiste, inducendo anche sfiducia nelle istituzioni e rafforzando l’individualismo ed il menefreghismo umano).

4) La COVID-19 come cambierà la società?

Dalle catastrofi come questa nella storia non è mai nato nulla di buono… e a ben guardare la lotta contro i NoVax ad esempio potrebbe trasformarsi in una “dittatura dell’informazione” (fatta da gente che ha ben dimostrato anche di “spararle grosse” pur di tutelare i propri interessi) anche enfatizzata dall’isolamento da lockdown e nei fatti in futuro magari non diversa da quella cinese dove lo Stato o le grosse aziende (social network) hanno il pieno controllo del flusso di informazioni! (vedi il caso Cambridge Analytica, ma anche le bolle di filtraggio, i nuovi “caporali” come Uber, servizi di delivery, youtube ed altri siti di creators, che hanno tutta l’intenzione di usare il web come forma repressiva dei lavoratori inquadrati come finte p. IVA autonome ma in realtà dipendenti dalle loro piattaforme!). Iniziative censorie verso il web sono anche in atto da partiti (finti) di sinistra che pur di fermare la libertà di espressione sul web non battono ciglio a creare leggi censorie o utilizzabili tramite exploit a tal fine come il DDL Zan (che formalmente protegge da atti di omofobia, transfobia, misoginia e abilismo, ma che in realtà porterà solo ad una pioggia infinita di cause in tribunale contro ragazzini che dicono qualche battuta di troppo o dissidenti dal “politically correct” in rete lasciando i veri fascisti agire indisturbati!) La Cancel Culture (censura preventiva contro le shitstorm… che decreti come questo dovrebbero rendere illecite 😀 ) è già qui… questa parte dovrebbe attirare commenti a questo post! 😀 )

Bibliografia:

ORF 1:

Raj et al 2020. Analysis of non-structural proteins, NSPs of SARS-CoV-2 as targets for
computational drug designing.

ORF 3:

Tan et al 2020. UNification of the M/ORF3-related proteins points to a diversified role for ion conductance in pathogenesis of coronaviruses and other nidoviruses.

ORF6:

Miorin et al 2020. SARS-CoV 2 ORF6 hijacks Nup8 to block STAT nuclear import and antagonize interferon signal.

Addetia et al. 2021. SARS CoV 2 ORF6 distrupt bidirectional nucleocytoplasmatic transport through interaction with Rae 1 and Nup 98

Kato et al. 2020. Overexpression of SARS CoV 2 protein ORF6 dislocates RAE1 and Nup 98 from the nuclear pore complex

Zhu et al. 2021. Functional analysis of SARS CoV 2 protein in drosophila identifies ORF6-induced pathogenic effect with selenexor as an effective treatment.

ORF7:

Neches et al. 2021. Atypical Divergence of SARS-CoV 2 ORF8 from ORF7a within the coronavirus lineage suggest potential stealthy viral strategies in immune evasion.

Panzera et al. 2020. A deletion in SARS CoV 2 ORF7 identified in COVID-19 outbreak in Uruguay.

ORF8:

Hassan et al. 2021. An unique view of SARS-CoV 2 through the lens of ORF8 protein.

Flower et al. 2020. Structure of SARS CoV 2 ORF8, a rapidly evolving immune evasion protein.

Alkhansa et al. 2021. Mutational analysis of SARS CoV 2 ORG8 during six months of COVID-19 pandemic

Hussain et al. 2021. Immunoinformatic analysis of structural and epitope variations in the spike and ORF8 proteins of SARS CoV 2/B1.1.7

ORF 9:

Mishra et al. 2021. SARS CoV 2 nucleoprotein enhances the infectivity of lentiviral spike particles.

Michel et al. 2020. Characterization of accessory genes in coronavirus genomes.

ORF 10:

Pancer et al. 2020. The SARS-CoV 2 ORF10 is not essential in vitro or in vivo in humans

Hassan et al 2020. Rare mutations in the accessory proteins ORF6, ORF7b and ORF10 of the SARS COv 2 genomes

Hassan et al. 2021. Notable sequence homology of the ORF10 protein instrospect the architecture of SARS CoV 2.

COVID come zoonosi:

Makarenkov et al. 2021. Horizontal gene transfer and recombination analysis of SARS CoV 2 genes helps discover its close relatives and shed light on its origin.

Sharun et al. 2021. SARS CoV 2 in animals: potential for unknown reservoir host and public health implications

Mishra et al. 2021. Natural infection of SARS-CoV-2 delta variant in Asiatic lions (Panthera leo persica) in India

Mutazioni del virus SARS CoV 2:

Quéromès et al. 2020. Characterization of SARS CoV 2 ORF6 deletion variants detected in a nosocomial cluster during routine genomic sourveillance, Lyon, France.

Valazques-Salinas et al- 2020. Positive selection of ORF1ab, ORF3a and ORF8 genes drives the early evolutionary trends of SARS CoV 2 during the 2020 COVID-19 pandemic

Yadav et al. 2021. An epidemiological analysis of SARS CoV 2 genomic sequences from different regions in India.

Nilgiriwala et al. 2021. Genome sequences of five SARS CoV 2 variants from Mumbai, India, obtained by nanopore Sequencing.

Biswas et al. 2021. Structural and drug screening analysis of the non-structural proteins of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 virus extracted from indian coronavirus disease 2019 patients.

Ismaiel et al. 2021. The impact of COVID-19 outbreak on the incidence of acute invasive fungal rhinosinusitis.

Sen et al. 2021. Mucor in viral land: a tale of two pathogens

Patro et al. 2021. The evolving proteome of SARS CoV 2 predominantly uses mutation combination strategy for survival.

Resistenza ai vaccini

Chen et al. 2021. Comprehensive mapping of neutralizing antibodies against SARS CoV 2 variants induced by natural infection or vaccination.

Callaway 2021. Delta coronavirus variants: scientists brace for impact

Mlcochova et al. 2021. SARS CoV 2 B.1.6.17.2 delta variant emergence and vaccine breakthrough

Sheikh et al. 2021. SARS CoV 2 delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness.

Lustig et al. 2021. Neutralizing capacity against delta (B.617.2) and other variants of concern following Comirnaty (BNT162b2, BioNTech/Pfizer) vaccination in health care workers, Israel.

Bauer et al. 2021. AZD1222-induced neutralizing antibody activity against SARS CoV 2 Delta VOC.

Dolgin 2021. CureVac COVID vaccine let-down spotlights mRNA design challanges.

“Origine del virus”

Blom 2021. Recovery of deleted deep sequencing data sheds more light on the early Wuhan SARS CoV 2 epidemic

Wang et al. 2020. Nanopore targeted sequencing for the accurate and comprehensive detection of SARS CoV 2 and other respiratory viruses

Un pensiero riguardo “Review sul virus SARS CoV 2 e sulla COVID-19

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