Texture Mapping: Carcinoma Squamoso del polmone (dati preliminari)

Ho recentemente iniziato a fare dei test con il texture mapping applicato alle immagini istologiche. Queste sono immagini mediche come quelle radiologiche ma sono più facilmente gestibili con hardware datato e più facili da trovare rispetto ai file DICOM (quelle utilizzate per questo articolo preliminare le ho prese da Wikimedia Commons).

In questo primo report di test (a cui farò seguire il resto del lavoro nei prossimi giorni) presento un confronto fra 2 vetrini di bronchioli terminali normali e 3 vetrini di carcinoma squamoso, tutti colorati con ematossilina/eosina. I parametri per ricavare le mappe sono gli stessi delle altre volte (range da 0 a 256, 64 livelli di grigio, size of bin pari a 4). Tutte le immagini sono state scomposte nei 3 colori prima dell’elaborazione utilizzando lo script per MATLAB sotto riportato e ogni colore è stato poi elaborato indipendentemente.

x=imread('file.jpg');

r=x(:,:,1);
g=x(:,:,2);
b=x(:,:,3);

imwrite(r,'r.tiff');
imwrite(g,'g.tiff');
imwrite(b,'b.tiff');

Riporterò negli esempi sottostanti solo le mappe della GLCM entropia in quanto sono quelle che ho trovato più utili per discriminare il normale dal patologico e solo quelle relative al colore blu, in quanto per ora non ho trovato differenze significative fra i differenti colori di cui sono composte le immagini (nel caso necessitiate degli altri dati posso fornirverli).

Bronchiolo normale:

Nella mappa della GLCM entropia le cellule epiteliali mostrano valori dell’indicatore molto più elevati rispetto al fondo:

Vetrini patologici:

Nei primi vetrini di Carcinoma squamoso che ho analizzato finora le cellule presentano in generale valori di GLCM entropia minori dell’epitelio normale (appaiono gialle anzichè rosse rispetto alla prima immagine normale che è di migliore qualità ed in generale il rapporto segnale/fondo per le cellule maligne sembra minore). Le uniche porzioni delle cellule maligne in rosso sono i bordi del nucleo e la membrana. Le uniche cellule a presentare una elevata entropia fra quelle maligne sono quelle con molta cheratina e quindi ipereosinofile, come anche quelle di carcinoma a piccole cellule evidenti nell’ultimo vetrino (istotipo che studierò in dettaglio più avanti). Qui sotto le tre mappe mostrate nello stesso ordine dei vetrini:

Questi dati devono ovviamente essere confermati aumentandone la numerosità, tuttavia forse potrebbero indicare un ruolo che la GLCM entropia potrebbe avere nello studiare questo determinato istotipo. (se possibile mi servirebbero dei vetrini di buona qualità di bronchioli terminali normali )