Variante Omicron

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A partire da alcuni giorni dopo la scrittura del mio ultimo sfogo a riguardo sono iniziate ad uscire alcune pubblicazioni riguardo questa nuova variante del coronavirus SARS CoV 2 che attualmente è responsabile della quasi totalità dei casi segnalati in Sudafrica e di molti casi (in rapida crescita) nel resto del mondo. Precisando che al momento della scrittura di questo articolo si ritiene che sia una sottovariante della Delta la causa dell’ultimo rapido aumento dei casi (c’è qualcosa che non sappiamo di questa variante?) con questo scritto intendo provare a riassumere cosa si sa della variante Omicron, che molto probabilmente soppianterà la Delta a breve per via della sua rapida crescita.

La variante Omicron è in grado di “bucare” la protezione data dai vaccini?

Purtroppo la risposta è SI, ma per fortuna la somministrazione di una terza dose garantisce comunque una buona protezione, anche se minore rispetto alle varianti precedenti. La durata della protezione è ancora ignota (non è passato abbastanza tempo per fare delle valutazioni)

Per quello che ne sappiamo 2 dosi di vaccino offrono una protezione praticamente nulla contro Omicron, che però si eleva al 75% circa dopo la terza somministrazione utilizzando diversi schemi vaccinali (Beltran et al. 2021, Doria-Rose et al. 2021, Lu et al. 2021, Cele et al. 2021, Edara et al. 2021, Andrews et al. 2021).

OPINIONE PERSONALE: Leggendo questi articoli appare ovvia l’inutilità del Green Pass ottenuto con 2 sole dosi di vaccino, che a mio parere andrebbe ABOLITO a favore di quello rafforzato (3 dosi oppure ultima entro 6 mesi, valutando nel tempo alla luce di nuovi dati questo intervallo di tempo). Altra nota dolente è da fare all’atteggiamento di qualcuno che ha garantito l’assoluta efficacia dei vaccini a fronte di dati scientifici non proprio rosei che già c’erano prima della comparsa della Omicron (questo atteggiamento potrebbe ora ritorcersi contro di noi dal punto di vista della compliance alla somministrazione)

Una precedente infezione data da un’altra variante o dal ceppo originario garantisce protezione contro la Omicron?

La risposta è NO (Pulliam et al. 2021, Zou et al. 2021).

Il trattamento a base di plasma prelevato da pazienti guariti dalla COVID-19 può essere utilizzato per trattare le infezioni da Omicron?

Un trattamento con plasma prelevato da un paziente guarito da COVID-19 mai sottoposto a vaccinazione o vaccinato con 2 sole dosi è inefficace contro Omicron, può avere una certa efficacia il plasma prelevato da un paziente vaccinato con 3 dosi o con 2 dosi e guarito dalla malattia (Schmidt et al. 2021)

La terapia con anticorpi monoclonali è efficace contro Omicron?

Purtroppo molti anticorpi anti-COVID-19 attualmente in commercio sono inefficaci contro Omicron (possono funzionare alcuni di questi, specie se usati in combinazione. VanBlargan et al. 2021, Cao et al. 2021, Chen et al. 2021)

L’immunità T data dai vaccini o da infezione da altre varianti è preservata contro la Omicron?

SI! (Keeton et al. 2021) e questo potrebbe spiegare il persistere della protezione contro la malattia grave che molti studi stanno rilevando (ci sono tuttavia pochissimi dati a riguardo).

A cosa è dovuto l’allarme dato dalla variante Omicron?

La variante Omicron si è diffusa rapidamente (in pochi giorni!) in Sudafrica fino a diventare localmente la variante dominante e porta numerose mutazioni della proteina Spike (Genovese et al. 2021, Ford et al. 2021, Lam et al. 2021, Golcuk et al. 2021, Shah et al. 2021, Kumar et al. 2021) , responsabili della resistenza ai vaccini e a diverse terapie, oltre a aumentare l’infettività e permettergli la reinfezione dei soggetti già contagiati da altre varianti (avrebbero fatto cosa furba diffondedo la letteratura citata in tutto questo articolo prima sulle fonti specializzate e dopo sui media generalisti)

E’ solo colpa della proteina spike mutata se Omicron diffonde così rapidamente?

La variante Omicron ha diverse altre mutazioni a carico di molte proteine accessorie e per tale ragione c’è chi non la pensa così e dichiara che anche tali mutazioni andrebbero indagate, non solo per comprendere le cause dell’aumentata trasmissibilità ma anche per la possibile differente presentazione clinica (Fratev et al. 2021, Thorne et al. 2021)

E’ vero che la variante Omicron da una malattia meno grave rispetto alle precedenti varianti?

I primi dati in arrivo dal Sudafrica sembrano indicare che la variante Omicron, pur diffondendosi più velocemente, dia forme cliniche meno gravi e molte meno ospedalizzazioni rispetto alla precedente variante sudafricana ed alla Delta (Wolter et al. 2021) tuttavia i dati sono ancora molto scarsi, tanto che i ricercatori dell’ Imperial College di Londra non sono daccordo con questa tesi analizzando i dati in loro possesso.

Al netto di queste considerazioni c’è anche da dire che una maggiore infettività può tranquillamente controbilanciare una minore severità di malattia in quanto contagiando più persone un virus meno letale può comunque riempire i cimiteri e le terapie intensive (Ledford 2021). Oltre a questo la variante Omicron in Sudafrica ha provocato un picco di casi fra i bambini che non sono vaccinati, portando ad un vertiginoso incremento di ricoveri nelle terapie intensive in questa fascia di età (Cloete et al. 2021). A detta di una mia conoscente che lavora in un ospedale pediatrico questa cosa sta succedendo anche in Italia negli ultimi mesi già con la Delta, motivo per cui appare assolutamente urgente studiare la sicurezza dei vaccini in questa fascia di età per poterli autorizzare il più velocemente possibile (in particolare i vaccini a mRNA vanno indagati meglio per quanto riguarda il rischio di miocardite, al fine di evitare problemi come quelli che si sono verificati con il vaccino AstraZeneca che causava trombosi).

Per quel che mi riguarda ho in piano di fare appena riesco una revisione della letteratura incentrata sulle miocarditi da vaccini ad mRNA e su molti altri argomenti legati alla COVID-19 per cercare di tenervi aggiornati!

Come si è sviluppata la variante Omicron?

La variante Omicron si è probabilmente evoluta per resistere ai vaccini attualmente esistenti, per diffondersi più rapidamente e per poter reinfettare i soggetti già contagiati da altre varianti del virus (Zahradnik et al. 2021)

Le modalità con cui si è evoluta sono invece più dubbie.

Una corrente di pensiero depone per un’acquisizione spontanea delle varie mutazioni in un ambiente non monitorato con il sequenziamento dei contagiati (in quanto non sono state trovate varianti intermedie fra le vecchie versioni del virus e la Omicron), magari in soggetti non vaccinati (comunissimi in Africa, Bansal et al. 2021) e/o immunodepressi (Cele et al. 2021). Nel far questo la variante Omicron ha purtroppo acquisito anche la capacità di infettare i topi (Cameroni et al. 2021) in modo simile alla precedente variante sudafricana (Pan et al. 2021), ove può costituire un importante pericolo in quanto questi animali vivono a stretto contatto con noi umani ed in tal modo, oltre a costituire un enorme serbatoio per il virus, potrebbero essere in grado di ritrasmettercelo ulteriormente mutato.

Dato che la vecchia variante sudafricana era già in grado di infettare i topi un’altra scuola di pensiero sostiene che la variante Omicron si sia appunto evoluta in questi roditori, acquisendo mutazioni per sopravvivere e proliferare fra questi animali, per poi ripassare a noi con queste nuove modifiche che gli danno un vantaggio selettivo nei confronti di vaccini ed anticorpi già presenti nella popolazione (Wei et al. 2021). A conferma di questa tesi questi ricercatori hanno descritto come la frequenza ed il tipo di mutazioni siano più compatibili con la loro teoria rispetto alla precedente, anche in virtù del fatto che nelle acque fognarie sono stati trovati genomi virali compatibili con la circolazione del virus SARS CoV 2 in questi animali (Smith et al. 2021)

BIBLIOGRAFIA:

La variante Omicron è in grado di “bucare” la protezione data dai vaccini?

Beltran et al. 2021. mRNA-based COVID-19 vaccine boosters induce neutralizing immunity against SARS-CoV- 2 Omicron variant

Doria-Rose et al. 2021. Booster of mRNA-1273 vaccine reduces SARS-CoV-2 Omicron escape from Neutralizing antibodies

Lu et al. 2021 Neutralization of SARS CoV 2 Omicron variant by sera from BNT162b2 or Coronavac vaccine recipient

SARS-CoV 2 Omicron has extensive but incomplete escape of Pfizer BNT162b2 elicited neutralization and requires ACE2 for infection

Edara et al. 2021. mRNA-1273 and BNT162b2 mRNA vaccines have reduced neutralizing activity against the SARS CoV 2 omicron variant

Andrews et al. 2021. Effectiveness of COVID-19 vaccines against the omicron (B.1.1.529) variant of concern

Una precedente infezione data da un’altra variante o dal ceppo originario garantisce protezione contro la Omicron?

Pulliam et al. 2021. Increased risk of SARS CoV 2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa

Zou et al. 2021. Neutralization against Omicron SARS CoV 2 from previous non-Omicron infection

Il trattamento a base di plasma prelevato da pazienti guariti dalla COVID-19 può essere utilizzato per trattare le infezioni da Omicron?

Schmidt et al. 2021. Plasma neutralization properties of the SARS CoV 2 Omicron variant

La terapia con anticorpi monoclonali è efficace contro Omicron?

VanBlargan et al. 2021. An infectious SARS CoV 2 B.1.1.529 Omicron virus escape neutralization by several therapeutic monoclonal antibodies

Cao et al. 2021. Omicron escapes the mjority of existing SARS CoV 2 neutralizing antibodies

Chen et al. 2021. Omicron (B.1.1.529): Infectivity, vaccine breakthrough and antibody resistance

L’immunità T data dai vaccini o da infezione da altre varianti è preservata contro la Omicron?

Keeton et al. 2021. SARS-CoV-2 spike T cell responses induced upon vaccination or infection remain robust against Omicron

A cosa è dovuto l’allarme dato dalla variante Omicron?

Genovese et al. 2021. Investigating the mutational landscape of the SARS CoV 2 Omicron variant via ab initio quantum mechanical modeling

Ford et al. 2021. Predictions of the SARS CoV 2 Omicron variant (B.1.1.529) spike protein receptor-binding domain structure and neutralizing antibody interaction

Lam et al. 2021. Insertions in the SARS CoV 2 spike N-terminal domain may aid COVID-19 transmission

Golcuk et al. 2021. The omicron variant increase the interactions of SARS CoV 2 spike glycoprotein with ACE2

Shah et al. 2021. Omicron: a heavily mutated SARS CoV 2 variant exibits stronger binding to ACE2 and potently escape approved COVID-19 therapeutic antibodies

Kumar et al. 2021. Omicron and Delta variant of SARS CoV 2: a comparative computational study of spike protein.

E’ solo colpa della proteina spike mutata se Omicron diffonde così rapidamente?

Fratev et al. 2021. The high transmission of SARS CoV 2 Omicron (B.1.1.529) variant is not only due to its hACE2 binding: a free energy of perturbation study.

Thorne et al. 2021. Evolution of enhanced innate immune evasion by SARS CoV 2

E’ vero che la variante Omicron da una malattia meno grave rispetto alle precedenti varianti?

Wolter et al. 2021. Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 Omicron variant in South Africa

Ledford 2021. How severe are Omicron infections?

Cloete et al. 2021. Rapid rise in paediatric COVID-19 hospitalisations during the early stages of the Omicron wave, Tshwane district, South Africa

Come si è sviluppata la variante Omicron?

Zahradnik et al. 2021. Receptor binding and escape from beta antibody responses drive Omicron B.1.1.529 evolution

Bansal et al. 2021. Mutational cascade of SARS CoV 2 leading to evolution and emergence of Omicron variant

Cele et al. 2021. SARS CoV 2 evolved during advanced HIV disease immunosoppression has beta-like escape of vaccine and Delta infection elicited immunity

Cameroni et al. 2021. Broadly neutralizing antibodies overcome SARS CoV 2 Omicron antigenic shift

Pan et al. 2021. Infection of wild-type mice by SARS CoV 2 B.1.351 variant indicates a possible novel cross-species transmission route

Wei et al. 2021. Evidence for a mouse origin of the SARS CoV 2 Omicron variant

Smith et al. 2021. Combining community wastewater genomic surveillance with state clinical surveillance: a framework for SARS CoV 2 public health practice

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